سیر مذاکرات هسته ای کشور مان تا به امروز هر چند مسیر پر فراز و نشیبی را طی نموده است و به دلیل دشمنی ها و سنگ اندازیهای طرف های مقابل با موانع و مشکلاتی روبرو شده است ، اما روند کلی مذاکرات هسته ای چه در دوره های قبل و چه در دوره کنونی تحت اشراف و نظارت رهبری قرار داشته و دارد و بسته به شرایط  و الزامات و رفتارهای طرف های مقابل با محوریت منافع و مصالح کشور ادامه یافته است  . هر چند مقام معظم رهبری در جزئیات مذاکرات هسته ای وارد نمی شوند ، اما خطوط کلی و جهت گیری کلی مذاکرات و خطوط قرمز آن توسط ایشان ترسیم شده و مورد نظارت قرار گرفته و می گیرد .ایشان همواره با رهنمودها و ارشادات خویش مسیر مذاکرات را روشن نموده و براحقاق حق مردم ایران در این زمینه  پافشاری نموده اند .

  « دوره اصلاحات» 

«سیر مذاکرات در این دوره»

در این دوره روند مذاکرات هسته ای به گونه ای بود که جمهوری اسلامی برای اعتماد سازی و نشان دادن صداقت خود نیازمند انعطاف در برنامه هسته ای خود و همکاری بیشتری با آژانس بود که این کار انجام گرفت . 

ایران که همواره بر صلح‌آمیز بودن فعالیت‌های هسته‌ای خود تاکید کرده است در مهر ماه 82 به منظور همکاری با آژانس و اثبات حسن نیت خود در توافق با 3 کشور انگلیس، فرانسه و آلمان که آن زمان طرف غربی مذاکره کننده با ایران بودند، بر اساس توافقنامه‌های تهران، بروکسل و پاریس کلیه فعالیت‌ها و مطالعات مرتبط با غنی‌سازی را به حالت تعلیق در آورد، به شرط این که موضوع هسته‌ای ایران در شورای امنیت دنبال نشود.
توافقنامه تهران:
این توافقنامه در 29 مهر 1382 برابر با 21 اکتبر 2003 به امضا رسید و به موجب آن از تأسیسات اتمی ایران بازرسی‌های گسترده‌ای به عمل آمد و فعالیت‌های مرتبط با غنی‌سازی اورانیوم نیز در ایران متوقف شد. در این مذاکرات ریاست هیئت ایرانی را حسن روحانی و کمال خرازی بر عهده داشتند. ریاست هیئت اروپایی را هم «دومینیک دو ویلپن»، «جک استراو» و «یوشکا فیشر» وزیران خارجه سه کشور فرانسه، بریتانیا و آلمان بر عهده داشتند.
توافقنامه بروکسل:
این توافقنامه در 4 اسفند 1382 برابر با 23 فوریه 2004 به امضا رسید و ایران متعهد شد ساخت و آزمایش سانتریفیوژهای مورد نیاز برای غنی‌سازی را متوقف کند و اقدام به ساخت قطعات یدکی سانتریفیوژهای موجود در آن زمان را نیز تعلیق کند. در این مذاکرات ریاست هیئت ایرانی بر عهده حسن روحانی و ریاست هیئت اروپایی بر عهده «خاویر سولانا» بود.
توافقنامه پاریس:
این توافق‌نامه در 14 نوامبر 2004 برابر با 17 بهمن 1382 در پاریس بین ایران و 3 کشور فرانسه، انگلیس و آلمان به امضاء رسید و به موجب آن ایران به عنوان اقدامی داوطلبانه در جهت اعتمادسازی و نه به عنوان یک تعهد قانونی پذیرفت که کلیه فعالیت‌های مربوط به غنی‌سازی و بازفرآوری مانند ساخت، تولید، نصب، آزمایش، سرهم‌بندی و راه‌اندازی سانتریفیوژهای گازی و فعالیت‌های مربوط به جداسازی پلوتونیم را متوقف کند و در عوض اتحادیه اروپا سعی در پذیرش ایران در سازمان تجارت جهانی نماید. نماینده مذاکره ‌کننده ایران سیروس ناصری به همراه سفیران وقت ایران در پاریس، لندن و برلین بودند، اما هرگز طرف غربی به تعهدات خود در قبال حسن نیت ایران عمل نکرد.
از سرگیری غنی‌سازی:
پس از توافقنامه پاریس، ایران اعلام کرد تعلیق داوطلبانه غنی‌سازی به پایان رسیده ‌است و با فک پلمپ، فعالیت‌های UCF  اصفهان را تحت نظارت آژانس ادامه می‌دهد. ایران در ژانویه 2006 در حضور بازرسان آژانس بین‌المللی انرژی هسته‌ای تأسیسات مجتمع تحقیقاتی هسته‌ای نطنز را نیز فک پلمپ کرد، اما شورای امنیت در مارس همان سال به ایران یک ماه فرصت داد تا فعالیت‌های هسته‌ای خود را متوقف کند. در آوریل 2006 دانشمندان ایرانی موفق به تولید چرخه کامل سوخت هسته‌ای در مقیاس آزمایشگاهی شدند و ایران به کشورهای عضو باشگاه اتمی پیوست. alef.ir/vdccosqio2bqx08.ala2.html?201499))مقام معظم رهبری در این باره فرمودند: 

«در همین قضیه‌ هسته‌اى، آن وقتى که ما با اینها همراهى کردیم و عقب‌نشینى کردیم – البته براى ما تجربه‌اى بود، اما این واقعیت است – اینها جلو آمدند؛ اینقدر جلو آمدند که من در همین حسینیه گفتم اگر بنا باشد که این روال از سوى آنها ادامه پیدا کند، من خودم وارد قضیه خواهم شد؛ و وارد قضیه شدم؛ ناچار شدیم؛ اینها کار ما نیست.... در هر برهه‌اى که ما در مقابل جبهه‌ دشمن انعطاف نشان دادیم و با توجیه‌هائى عقب‌نشینى کردیم – مثلاً یک وقت گفتیم بگذارید بهانه را از دست دشمن بگیریم، یک وقت گفتیم بگذارید سوءظن دشمن را از خودمان زائل کنیم – دشمن مواضع گستاخانه‌ترى علیه ما گرفته. در آن روزى که ادبیات مسئولین ما آلوده شد به حرفها و تعبیرات تملق‌آمیز نسبت به غرب و فرهنگ غربى ، در آن روز اینها ما را «محور شرارت» معرفى کردند»(بیانات رهبر معظم انقلاب در دیدار مسوولان و کارگزاران نظام ، 3/5/91)

« دوره اصول گرایی» 

 « سیر مذاکرات هسته ای در این دوره »

ارجاع پرونده هسته‌ای ایران به شورای امنیت سر‌آغاز فعالیت 5 عضو دائم این شورا به همراه آلمان موسوم به گروه 1+5 شد که از مجموع جلسات متعدد آنها در پاریس، لندن و وین سرانجام مجموعه‌ای از مشوق‌ها را که به «بسته پیشنهادی» شهرت یافت در 16 خرداد 85 در اختیار ایران قرار دادند، بسته‌ای که در آن، این 6 کشور در ازای تاکید بر حق ایران در توسعه انرژی هسته‌ای برای مقاصد صلح‌آمیز و حمایت از ساخت رآکتورهای آب سبک در ایران از طریق پروژه‌های مشترک بین‌المللی و نیز دادن تضمین‌های الزام‌‌‌آور حقوقی چند لایه سوخت به ایران، بر‌اساس مشارکت به‌عنوان یک شریک در یک تأسیسات بین‌المللی در روسیه خواستار از سرگیری اجرای پروتکل الحاقی و تعلیق همه فعالیت‌های مرتبط با غنی‌سازی شدند.
هر چند در این طرح همانند طرح 5 آگوست 2005 به صراحت از توقف چرخه سوخت هسته‌ای داخلی صحبتی به میان نیامده است اما اشاره به بحث تضمین‌های سوختی حاکی از این بود که ایران باید این برنامه را کنار بگذارد.
با اینکه پس از ارائه بسته 6 ژوئن 2006 هیچ ضرب‌الاجلی برای ارائه پاسخ تهران به آن تعیین نشده بود، جمهوری اسلامی ایران با تعیین کمیته‌های کارشناسی به منظور بررسی این بسته اعلام کرد که ظرف مدت 45 روز یعنی تا 31 مرداد 85 به این بسته پاسخ خواهد داد. اما به دلیل فشارهای اعضای گروه 1+5 مبنی بر پاسخ فوری تهران به مجموعه مشوق‌ها بود که تیرماه، علی لاریجانی، دبیر وقت شورای عالی امنیت ملی در راس هیاتی بلندپایه برای انجام مذاکرات مقدماتی به منظور ارائه پاسخ به بسته پیشنهادی عازم بروکسل شد و پس از دیدار با هیات 5 کشور (به غیر از آمریکا) به ریاست خاویر سولانا، مسئول وقت کمیته سیاست خارجی اتحادیه اروپایی اعلام کرد که ایران پاسخ مقدماتی خود به بسته را ظرف یک هفته آینده ارائه خواهد کرد.
هیئت‌های طرفین مجددا در 20 تیرماه 85 برابر با 11 جولای 2006 در بروکسل گردهم آمدند هر چند از این مذاکرات نتیجه‌ای برای دو طرف عاید نشد، ولی ایران در خلال این گفتگوها مجتمع آب سنگین اراک را به بهره برداری رساند. این کار، آنها را به تصویب قطعنامه 1696 شورای امنیت برای توقف فعالیت‌های هسته‌ای کشاند.
چند روز پس از این رویداد، یعنی 18 شهریور 85 دبیر وقت شورایعالی امنیت ملی برای دیدار با سولانا راهی وین شد و به مدت 7 ساعت در کاخ صدر اعظمی اتریش (دفتر کار ولفگانگ شوسل) به گفت‌وگو نشست.
آنها توافق کردند که دیدارهایشان یک هفته بعد در وین ادامه پیدا کند اما 22 شهریور خبر لغو ناگهانی دیدارشان اعلام شد و اگرچه هر دوطرف به صورت جداگانه از دیدار و مذاکرات بعدی‌شان در نیویورک خبر دادند اما این گفت‌وگوها به رغم آنکه هر دوطرف مذاکره کننده آن را مثبت و سازنده توصیف می‌کردند مهرماه 85 متوقف شد و سرانجام وزرای خارجه اتحادیه اروپایی در بیانیه‌ای از پایان رسمی مذاکراتشان با ایران خبر دادند و اعلام کردند، اتحادیه اروپایی گزینه‌ای جز بررسی موضوع ایران در شورای امنیت ندارد که این موضوع زمینه‌ساز صدور قطعنامه‌های تحریم علیه ایران شد.
از این‌رو اعضای گروه 1+5 به دلیل آنچه آن را بی‌توجهی ایران به خواسته‌های شورای امنیت عنوان کردند 2 دی 85 (23 دسامبر 2006) قطعنامه 1737 را که دومین قطعنامه شورای امنیت و نخستین قطعنامه تحریم شورای امنیت بود تصویب کردند.
این چنین شد که علی لاریجانی عازم «برن» پایتخت سوییس شد. مقصد بعدی دبیر شورایعالی امنیت ملی، مونیخ بود، به این ترتیب حاشیه اجلاس امنیتی مونیخ به محل گفت‌وگو‌های مجدد او با خاویر سولانا مسئول وقت سیاست خارجی اتحادیه اروپایی تبدیل شد. پس از آن نیز وی با البرادعی در وین و رومانو پرودی در ایتالیا به گفت‌وگو پرداخت. با این حال چند روز قبل از گزارش آژانس، البرادعی در گزارشی فنی از قطع 10 پروژه همکاری با ایران از میان 55 پروژه خبر داد.
با این وجود، اعضای گروه 1+5 که منافع خود را در خطر می‌دیدند یک بار دیگر در لندن گرد هم آمدند تا همچون زمان قبل از تصویب قطعنامه 1737 برای اعمال مرحله دوم تحریم‌ها در قبال تهران به نتیجه برسند که نتیجه این دیدار تصویب قطعنامه 1747 شورای امنیت علیه فعالیت‌های هسته‌ای ایران در 4 فروردین‌ماه 86 (23 فوریه 2007) بود. علی لاریجانی از ادامه کار استعفا کرد تا سعید جلیلی جای وی را در شورای امنیت ملی بگیرد.
نشست ژنو 1:
29تیر ماه 87 اولین مرحله نشست 1+5 با ایران در ژنو برگزار شد، موضوع مهم در این مرحله طرح «فریز در مقابل فریز» (تعلیق برابر تعلیق) بود که از سوی 1+5 ارائه شده بود. طرحی که ایران در مرداد ماه 87 خواستار شفاف شدن آن که به معنای تعلیق توسعه تاسیسات هسته‌ای ایران بود، شد. طرح پیشنهادی فریز مقابل فریز از سوی ایران اجرایی نشد، چرا که ایران فعالیت صلح آمیز هسته‌ای را حق مسلم خود می‌دانست.
نشست ژنو 2
مهر ماه 88 دومین مرحله مذاکرات ایران و نمایندگان کشورهای 1+5 برگزار شد. سعید جلیلی در گفت‌وگوهای خود با خاویر سولانا هماهنگ کننده سیاست خارجی اتحادیه اروپا و نمایندگان سیاسی 6 کشور در ژنو سوئیس، تاکید کرد که جمهوری اسلامی ایران از حقوق حقه خود به هیچ عنوان منصرف نخواهد شد. ایران پیشنهاد کرد که مذاکرات مبتنی بر موضوعات گسترده‌تر و جهانی باشد. 

نشست ژنو 3
ایران در پایان این نشست گفت که گفت‌‌وگو را در چارچوب راهبرد 2 مسیره (فشار و مذاکره) نمی‌پذیرد.

 بیانیه 3 جانبه تهران در حاشیه نشست گروه 15
27 اردیبهشت سال 89 (2010) بیانیه مشترک ایران، ترکیه و برزیل در خصوص تبادل سوخت رآکتور تحقیقاتی تهران به امضا رسید. روسای جمهور ایران و برزیل و نخست وزیر ترکیه در تهران طرح تبادل سوخت را تهیه و آن را به آژانس اعلام کردند.
بیانیه تهران
در مهمترین بند توافقنامه 10 ماده‌ای آمده بود که 1200 کیلو‌گرم سوخت اورانیوم کمتر غنی‌ شده در ترکیه به صورت امانت نگهداری شود، که در مالکیت ایران خواهد بود و ایران و آژانس امکان نظارت بر آن را دارند، متقابلا نیز گروه وین متعهد می‌شود 120 کیلوگرم سوخت مورد نیاز راکتور تهران را به ایران تحویل دهد. با وجود این که گروه وین (آمریکا، روسیه، فرانسه و آژانس) خود مشوق اصلی میانجیگری ترکیه و برزیل شده بودند، اما در نهایت حاضر نشدند تا به توافقنامه تهران متعهد و به مفاد آن عمل کنند.
در پی عدم تعهد گروه وین به توافقنامه تهران، ایران تصمیم گرفت از آن پس در مذاکرات سیاست بسته مقابل بسته را پیش بگیرد و اعلام کرد که فقط در خصوص موضوعات مشترک گفت‌وگو‌ها را دنبال خواهد کرد. در بسته ایران موضوع هسته‌ای ذکر نشده بود بلکه مباحثی از قبیل امنیتی، منطقه‌ای و ... در آن بود. بر این اساس در نشستی که صرفا در خصوص هسته‌ای باشد شرکت نخواهد کرد.
نشست استانبول 1
بهمن ماه 89 (2011) نشست گروه 1+5 با ایران به میزبانی استانبول برگزار شد. در دور نخست این مذاکرات 2 اتفاق مهم رخ داد؛ اول اینکه ایران اجازه نداد غربی‌ها بحث‌های خارج از دستور کار گفت‌وگو برای همکاری را مطرح کنند و آنها هم روی این موضوع اصرار نکردند و دوم اینکه ایران پیشنهادهایی عملی برای همکاری در حوزه‌هایی خاص به 1+5 ارائه کرد و خواستار پاسخ آنها شد.
دور بعدی مذاکرات در روز دوم بهمن ماه به پایان رسید و به دلیل ناتوانی مذاکره کنندگان غربی از پاسخ به پیشنهادهای مشخص ایران و طرح مباحث فراتر از دستور کار «گفت‌وگو برای همکاری» که در ژنو 3 مورد توافق قرار گرفته بود، این دور از مذاکرات بی‌نتیجه ماند.
جلیلی در دور سوم مذاکرات (روز دوم) خطاب به خانم اشتون گفت اگر شما به دنبال خرید زمان هستید، ما چنین قصدی نداریم و به حقوق و تکالیف خود در چارچوب آژانس بین‌المللی انرژی اتمی پایبند هستیم.
18 شهریور ماه 90 (2011) نامه جلیلی به اشتون
در این نامه اعلام شده است که ایران برای گفت‌وگوهای جدید آمادگی دارد، اما از حقوقش عقب‌نشینی نخواهد کرد و قاطعانه به لزوم تحقق حقوق مشروع و نیز تعهدات بدون هرگونه تبعیضی باور دارد. 30 شهریور ماه 90نشست مدیران سیاسی 6 کشور برگزار و بیانیه اشتون صادر شد.
در این بیانیه آمده است، امروز من با مدیران سیاسی چین، فرانسه، آلمان، روسیه، انگلیس و آمریکا به منظور ارزیابی وضعیت مربوط به موضوع هسته‌ای ایران ملاقات کردم. ما اراده و تعهد خود برای یافتن یک راه حل دیپلماتیک برای این موضوع را مورد تایید مجدد قرار دادیم و بحث خود را روی گام‌های عملی بیشتر به منظور دستیابی به این هدف در سریع ترین زمان متمرکز نمودیم.
29 مهر 90 (2011) نامه اشتون به جلیلی
اشتون، مسئول سیاست خارجی اتحادیه اروپا گفت که در نامه‌ای به ایران اعلام کرده است که قدرت‌های بزرگ آماده هستند در هفته‌های آینده با ایران درباره موضوع هسته‌ای نشست برگزار کنند.
28 آبان ماه 90 (2011)
اشتون خواستار مذاکره با ایران شد. رئیس سیاست خارجی اتحادیه اروپا از ایران درخواست کرد تا پیشنهاد مذاکره در خصوص برنامه هسته‌ای خود را بپذیرد. در بیانیه وی آمده است: من از ایران یکبار دیگر درخواست می‌کنم تا به پیشنهادهای من و گروه 6 (آمریکا، روسیه، چین، فرانسه، انگلیس بعلاوه آلمان) پاسخ مثبت دهد. اظهارات اشتون پس از تصویب قطعنامه آژانس بین‌المللی انرژی اتمی مطرح شد.
نشست استانبول 2
26 فروردین ماه 91 مذاکرات استانبول برگزار شد. در پایان نشست یک روزه استانبول 2، «کاترین اشتون» مسئول سیاست خارجی اتحادیه اروپا رسما از حق هسته‌ای ایران سخن گفت. سعید جلیلی دبیر شورای عالی امنیت ملی ایران نیز گفت که طرفین توافق کردند با دستور کار گفت و گو برای تدوین یک مدالیته جامع در بغداد مذاکره کنند. هیئت‌های شرکت کننده در مذاکرات ایران و 1+5 در استانبول در پایان دو دور مذاکره توافق کردند که دور بعدی مذاکرات در 23 می –خرداد - در بغداد برگزار شود. در مجموع طرفین که گفت‌وگوها را پس از 15 ماه توقف از سر گرفته بودند را مثبت ارزیابی کردند.
نشست بغداد:
سوم خرداد، 23 می 2012، ادامه گفت‌وگوهای 1+5 با ایران بر اساس چارچوبی که پس از نشست استانبول از سوی نمایندگان اشتون و جلیلی تهیه شده است دنبال می‌شود. با وجود اینکه همگان نشست استانبول را مثبت ارزیابی ‌کردند، مذاکرات بغداد نشان داد که طرف غربی گروه 1+5 به هیچ عنوان حاضر نیست گامی در جهت اعتماد سازی بردارد و صرفا می‌خواهد از ایران امتیاز بگیرد و عملا نتیجه از این دور حاصل نشد و ادامه مذاکرات به مسکو موکول شد.
بر اساس گزارش آبان ماه یوکیا آمانو مدیرکل آژانس بین المللی انرژی اتمی در آبان 90 و طرح ادعاهای مطالعاتی که دیگر تبدیل به اتهامات مطالعاتی شده است، اول خرداد 91 آمانو راهی تهران شد و در خصوص بازدید از سایت نظامی پارچین با مقامات ایرانی گفت‌وگو کرد. در ادامه نیز پیش از مذاکرات مسکو دور دیگری از مذاکرات ایران و آژانس بین‌المللی انرژی اتمی 19 خرداد 91 بر سر بازدید از سایت نظامی پارچین در وین برگزار شد، اما باز هم به نقل از نمایندگان آژانس نتیجه‌ای حاصل نشد. (بازرسان این آژانس با وجود این که در سال‌ 2004 و 2005 از سایت پارچین بازدید کرده‌اند اما تاکنون نیز نتوانسته‌اند مدرکی دال بر گرایش نظامی هسته‌ای ایران در سایت پارچین پیدا کنند.)
انعکاس اظهارات نمایندگان آژانس در فضای حاکم بر رسانه‌های غربی کاملا مشهود بود. جوسازی و جنگ تبلیغاتی از سوی غربی‌ها بر سر عدم پذیرش بازرسی از سایت نظامی پارچین از سوی ایران، تا آستانه نشست مسکو دنبال شد. پیش از نشست مسکو وزیر امور خارجه روسیه به ایران سفر کرد تا به قول خود در خصوص سوریه با مسئولان ایرانی صحبت کند، هر چند که همگان بر این امر واقف بودند که موضوع هسته‌ای ایران و مذاکرات مسکو اگر بحث نخست لاوروف با مسئولان ایرانی نبود، اما اهمیت کمتری از موضوع سوریه نداشت.
نشست مسکو:
29 خرداد - 18 و 19 ژوئن، هفتمین مرحله مذاکرات ایران و گروه 1+5 روی میز مسکو دنبال شد و این انتظار وجود داشت که روسیه با ارائه دستور کاری مشخص روند گفت‌وگوها را هدایت کند. پایان روز بلند مسکو هم پایان مذاکرات ایران و 1+5 را رقم نزد و دو طرف این بار در انتظار برگزاری نشست های کارشناسان فنی و معاونان خود در13 تیر و به میزبانی استانبول برای فراهم کردن زمینه برگزاری نشستی دیگر ماندند.
کاترین اشتون مذاکره کننده ارشد گروه 1+5 در پایان دوروز مذاکرات فشرده دو طرف با اعلام این که «فاصله عظیمی بین مواضع دو طرف وجود دارد، افزود: اما در نهایت به این توافق رسیدیم که سطحی برای کار کارشناسی تعریف کنیم تا به گروه 1+5 کمک کند حرفهای ایران را بفهمد و حرفهای ما را هم به آنها بزند.»
سعید جلیلی نیز در پایان مذاکرات مسکو گفت: «دیدگاه‌هایمان صریح و واضح بیان شد. تأکید کردیم غنی سازی اورانیوم حق مسلم ملت ایران است. غنی سازی برای مصارف صلح‌آمیز در همه سطوح حق مسلم است. آنها امروز در معرض یک انتخاب هستند که بخواهند از مسیرهای بن بست گذشته خارج شوند و در مسیری که همکاری با ملت ایران است، گام بردارند.
مذاکره کننده ارشد ایران ادامه داد: هیچ منطقی برای مقابله با مسیر پیشرفت ملت ایران وجود ندارد. امیدواریم این فرصت موجب شود آنها بتوانند با استفاده از بحث‌های جلسات کارشناسی مسیر صحیح را انتخاب و از مسیر بن بست گذشته خارج شوند. آمادگی داریم در جلسات کارشناسی، هم به لحاظ فنی و هم به لحاظ حقوقی و سیاسی با منطق روشن حقانیت مواضع ایران را به خصوص در فعالیت‌های صلح آمیز هسته‌ای بیان کنیم.»
یکی از مهمترین ویژگی‌های گفتگوهای مسکو این بود که هیئت ایرانی بیشترین زمان این دور از مذاکرات را به خود اختصاص داد تا دیدگاه‌های خود را به طور تفصیلی برای طرف مقابل تشریح کند. با توجه به همین موضوع بود که دیپلمات‌های کشورمان با تاکید بر حق ایران برای غنی‌سازی اورانیوم، به طور مستدل و با استفاده از اسناد حقوقی، مبانی رفتار 1+5 در قبال ایران از جمله قطعنامه‌های شورای امنیت را به چالش کشیدند تا به طرف غربی ثابت کنند بسیاری از خواسته‌های آنها خلاف و غیرقانونی است از این رو باید متوقف شود.
علاوه بر این موضوع،‌ بر اساس توافقات استانبول 2 و گفت‌وگوی معاونان دو طرف در ژنو، ایران چارچوب جامعی را به طور دقیق به طرف غربی ارائه کرد. البته این چارچوب در بغداد نیز ارائه شده بود، اما در مسکو به طور تفصیلی و دقیق در اختیار نمایندگان شش کشور درگیر در مذاکرات با ایران قرار گرفت که شامل پنج محور اصلی بود؛ 1. اصول راهنمای مورد توافق دو طرف، 2. اهداف، 3. موضوعات، 4. ساختار شکلی فرآیند گفت‌وگوها و 5. گام‌های متقابل دو طرف که باید برداشته شود.
ویژگی این دور از مذاکرات این بود که مباحث، محتوایی و سنگین بود و جدی‌تر و فراتر از همیشه مطرح شد. همین امر موجب ناتمام ماندن گفتگوها شد چراکه طرف مقابل برای بررسی ایده‌های تفصیلی ایران که به صورت مکتوب ارائه شده بود، نیاز به زمان داشت. از این رو بود که بحث بیشتر درباره نظرات ایران به جلسات کارشناسی موکول شد تا با توجه به ماحصل این نشست‌ها، درباره برگزاری دور بعدی مذاکرات ایران و 1+5 تصمیم‌گیری شود.
بدین ترتیب ماراتن مذاکرات مسکو نیز پایان یافت، درست با همان نتیجه‌ای که مذاکرات استانبول و بغداد پایان یافته بود، ادامه مذاکرات در آینده؛ با این تفاوت که در این دور، حتی مکان بعدی نیز مشخص نشده بود.
اول تیر 91 خبرگزاری رویترز خبر داد که یوکیا آمانو در بوداپست پایتخت مجارستان در کنفرانس خبری خود پس از دیدار با نخست وزیر این کشور گفت است که ما مطلعیم که فعالیت‌هایی در سایت پارچین در حال انجام است و نگران هستیم که این [فعالیت‌ها] به فعالیت‌های راستی آزمایی اختلال وارد کند.
آژانس خرداد ماه 91 مدعی شد بر اساس تصاویر ماهواره‌ای به دست آمده از سایت پارچین به این نتیجه رسیده است که فعالیت‌هایی در این سایت جریان دارد که احتمالا نشان می‌دهد ایران در حال انجام اقدامات پاکسازی است.
نشست های فنی در استانبول
نشست فنی کارشناسان هسته‌ای ایران و غرب که در استانبول و 13 تیرماه برگزار شد و 4 مرداد نیز به عنوان زمان نشست علی باقری و هلگا اشمیت، معاونان سعید جلیلی و کاترین اشتون، رایزنان هسته‌ای ایران و 5+1 تعیین شد. پیش از برگزاری این نشست مایکل مان، سخنگوی کاترین اشتون در بیانیه‌‌ای گفت که معاونان جلیلی و اشتون درصدد هستند تا بررسی کنند که چگونه اختلاف‌های طرفین را می‌توان کاهش داد. هدف این نشست بررسی چگونگی کم‌کردن شکاف‌های موجود در مواضع طرفین و چگونگی پیشبرد این فرایند رو به جلوست.
از دیدار باقری و اشمیت نیز نتیجه روشنی حاصل نشد به طوری که پس از آن موضوع هسته‌ای ایران از گفت و گوهای دیپلماتیک به سمت مذاکرات فنی و حقوقی بین ایران و آژانس سوق داده شد و این بار تیم آمانو در چارچوب پیگیری ادعاهای مطالعاتی خود در خصوص بعد نظامی فعالیت‌های اتمی ایران، تلاش خود را برای فشار بر تهران آغاز کردند.
در این راستا و بر اساس گزارش‌های آمانو که هر 3 ماه در خصوص فعالیت های هسته‌ای ایران به شورای حکام داده می‌شود، این فشارها دنبال شد. تهران مانند گذشته شرط همکاری با آژانس و اجازه بازدید از پارچین را تدوین یک مدالیته جامع و ساختارمند عنوان کرد.
بر همین اساس ایران و آژانس در بهمن و اسفند سال 90، اردیبهشت، خرداد، شهریور،آذر، دی و بهمن ماه 91 با یکدیگر بر سر تهیه مدالیته و چارچوبی برای حل و فصل موضوعات باقی‌مانده بر سر برنامه هسته‌ ای ایران مذاکره کرده‌اند، اما هنوز به توافقی بر سر چگونگی حل و فصل موضوعات دست پیدا نکرده‌اند.
در رابطه با موضوعات فنی میان ایران و آژانس، یوکیا آمانو، مدیرکل آژانس بین‌المللی انرژی اتمی اول خرداد سال جاری در سفری یک روزه به تهران درباره درخواست‌های آژانس از ایران به ویژه اجازه بازدید و بازرسی بازرسان از سایت نظامی پارچین با مقامات کشورمان دیدار و گفت‌وگو کرد.
پس از دیدار مدیرکل آژانس با مقامات ایرانی، دور دیگری از مذاکرات اواخر خرداد ماه سال جاری برگزار شد. ایران همواره تاکید دارد که موضوعات و سوالاتی که آژانس درباره برنامه هسته ای ایران مطرح کرده باید در چارچوب یک برنامه عمل مشخص به توافق برسد تا پس از آنکه ایران به آنها پاسخ داد و ابهامات رفع شد به ادعای برخی کشورها و ارایه اسناد ادعایی، موضوعاتی که قبلا طرح و به آنها پاسخ داده شده است دوباره طرح نشود.
ششمین، هفتمین و هشتمین دور از مذاکرات ایران و آژانس آذر، دی و بهمن ماه سال جاری در تهران برگزار شد. ایران به عنوان عضو آژانس اصرار دارد مشابه مدالیته (برنامه عمل) 2007 برای پایان دادن به آنچه از سوی آژانس مطالعات ادعایی نامیده می‌شود، تدوین و توافق شود. این در حالی است که آمریکا و برخی کشورهایی که مدعی دستیابی به اسنادی علیه برنامه هسته‌‌ای ایران هستند آژانس را به شدت از توافق بر سر یک مدالیته مشابه مدالیته 2007 پرهیز داده‌ و عملا تاکنون مانع حل و فصل مسایل میان ایران و آژانس شده‌اند.
در نوامبر 2011 آژانس بین‌المللی اتمی با وجود این که ایران به 6 سئوال مطرح شده، بر اساس مدالیته 2007 پاسخ داده بود و در حالی که انتظار می‌رفت پرونده ایران به حالت عادی باز گردد، گزارشی منتشر کرد که حاوی ادعاهای جدید درباره وجود بعد نظامی در برنامه هسته‌ای ایران بود و خواستار پاسخگویی تهران به آن شد.
در گزارش نوامبر 2011 و بر اساس ادعای موسسه آمریکایی، علوم و امنیت بین‌الملل (ISIS) عنوان شد که تهران در پارچین محفظه‌های بزرگی ساخته است که در آنها آزمایش های انفجاری با قدرت بالا انجام می‌دهد. ادعایی که در سال 2000 نیز مطرح شده بود و بازرسان آژانس در سال‌های 2004 و 2005، 2 بار از پارچین بازدید کردند و در نهایت نیز البرادعی دبیرکل وقت آژانس در گزارش خود که آبان ماه 84 منتشر شد عنوان کرد که «ایران به آژانس درباره ساختمان‌های درخواست شده در منطقه مورد علاقه آژانس اجازه دسترسی داده و نمونه برداری انجام شد. آژانس هیچ فعالیت غیرمعمول در این ساختمان‌ها پیدا نکرده است.»
ایران ورود به این مباحث را مشروط به تنظیم و قبول یک مدالیته میان ایران و آژانس کرد تا بر اساس این مدالیته وظایف و تعهدات هر یک از 2 طرف در هر مقطع مشخص شود. بر همین اساس بود که، دور جدید مذاکرات تهران و آژانس، از بهمن 90 آغاز شد. آن‌چه که ایران در تدوین مدالیته جدید دنبال می‌کند شبیه به مدالیته 2007 است، همان چیزی که آمریکا، به شدت از تکرار آن نگران است (ایران در مدالیته 2007 به 6 سئوال آژانس پاسخ داد، اما آمریکا بر خلاف توافق ایران و آژانس بحثPMD ابعاد نظامی ادعایی را مطرح کرد) و به هر شکل سعی دارد آژانس را از چنین توافقی دور سازد.
چرا که اگر ایران و آژانس بین‌المللی انرژی اتمی بر سر مدالیته به توافق برسند و ایران بر اساس این مدالیته مرحله به مرحله به پرسش‌های آژانس پاسخ دهد و در نتیجه ادعاها و نگرانی‌های آژانس برطرف شود پرونده ایران باید از شورای امنیت به شورای حکام ارجاع داده شده و در نتیجه تحریم‌های شورای امنیت نیز برطرف شود. درست پیش از آغاز نشست 27 دی ماه تهران موسسه آمریکایی علوم و امنیت بین‌الملل با انتشار گزارشی مدعی شده است که ایران می‌تواند در اواسط سال 2014 اورانیوم تسلیحاتی کافی برای ساخت یک بمب و یا تعدادی بیشتر از آن را تولید کند. بر همین اساس آمریکا و متحدینش باید تحریم‌ها علیه تهران را پیش از رسیدن ایران به این نقطه تشدید کنند.

بر این اساس ایران این حق را برای خود قائل است که بداند محدوده سئوالات و ابهامات آژانس تا کجاست و کی به پایان می‌رسد و آیا در قبال همکاری امتیازی خواهد گرفت؟ آیا پرونده ایران از شورای امنیت به آژانس باز خواهد گشت و به حالت عادی باز می‌گردد؟
هفتمین و هشتمین دور گفت‌وگوهای ایران و آژانس بین‌المللی انرژی اتمی که به میزبانی تهران و در محل سازمان انرژی اتمی برگزاری شد بدون کسب نتیجه به پایان رسید. هرمان ناکارتس، معاون یوکیا آمانو در امور پادمان‌ها ریاست هیئت فنی و کارشناسی آژانس و علی‌اصغر سلطانیه ریاست هیئت ایرانی را برعهده داشتند.
پس از انتخابات آمریکا و تمدید ریاست جمهوری اوباما برای 4 سال دیگر، رسانه‌های خارجی به نقل از دیپلمات‌های غربی خبر از برگزاری احتمالی نشست ایران و 1+5 در ژانویه 2013 دادند، به نظر می‌رسید که مذاکرات پشت پرده بین نماینده اشتون و جلیلی در این مدت قطع نشده بود و هر چند گاهی تماس‌هایی در خصوص ازسرگیری گفت و گوها دنبال می‌شده است.
15 بهمن علی اکبر صالحی وزیر امور خارجه ایران در حاشیه کنفرانس مونیخ در گفت‌وگو با خبرنگاران بیان کرد: خبر خوشی دارم. روز گذشته شنیدم که گروه 1+5، 25 فوریه در قزاقستان گردهم خواهند آمد.
وی همچنین بیان کرد که این امکان وجود دارد که کشورش پیشنهاد مذاکره دو جانبه با آمریکا را که از سوی جو بایدن معاون رییس جمهور آمریکا در مونیخ مطرح شده بپذیرد. اگر نیت صادقانه طرف مقابل مشخص شود به این مساله با جدیت نگاه خواهیم کرد. وی با اشاره به اینکه ایران معتقد است بهتر است دشمنانت را به دوستانت تبدیل کنی افزود: اما ما اهمیت زیادی برای استقلال‌مان قائل هستیم.
درست 5 روز پیش از آغاز نشست آلماتی آمانو طبق روال گذشته گزارش 3 ماهه اخیر خود خود را ارائه کرد. این در حالی بود که همگان بر این امر واقف هستند که محتوای اینگونه گزارش‌ها بر فضای نشست آلماتی تاثیر گذار است. در این گزارش 12 صفحه‌ای یوکیا آمانو مدیرکل آژانس گزارش برای اولین بار از آغاز نصب نسل جدید سانتریفیوژها از سوی ایران در نطنز خبر داد.
وی در گزارش خود در عین حال با اشاره به اینکه به هیچ توافقی با ایران برای پرداختن به ابعاد احتمالی برنامه هسته‌ایش نرسیده‌اند درخواست‌های آژانس در این باره را تکرار کرد. مدیر کل آژانس همچنین خبر داده که میزان ذخایر اورانیوم غنی شده 5 درصدی ایران به 8271 کیلوگرم و 20 درصدی به 280 کیلوگرم افزایش یافته است که ایران مقدار 113 کیلو از اورانیوم 20 درصد را به سوخت تبدیل کرده است. تبدیل اورانیوم 20 درصد به سوخت احتمال استفاده از آن در ساخت سلاح هسته‌ای را به مقدار زیادی کاهش می‌دهد.
این در حالی بود که در واکنش به این گزارش آمریکا و رژیم صهیونیستی ابراز نگرانی کردند. در همین حال و در همان زمان رویترز به نقل از ویکتوریا نولاند سخنگوی وزارت خارجه آمریکا نوشت که اقدام ایران مبنی بر نصب سانتریفیوژهای پیشرفته یک گام تحریک کننده است.
نشست آلماتی 1
27 و 28 بهمن‌ماه شش کشور در مذاکرات قزاقستان در چارچوب یک بسته پیشنهادی جدید، به طرح پیشنهادی 9 ماه قبل ایران در مسکو پاسخ دادند، پاسخی که سعید جلیلی دبیر شورای عالی امنیت ملی ایران آن را واقع‌بینانه‌تر از گذشته دانست، اما کاترین اشتون، مسئول سیاست خارجی اتحادیه اروپا حاضر نشد در کنفرانس خبری خود پس از مذاکرات آلماتی، چیز زیادی در خصوص مفاد پیشنهاد شش کشور ارائه کند.

با وجود این که در پایان مذاکرات آلماتی دو طرف به توافق رسیدند تا 16 فروردین 92، مجددا در آلماتی بر سر میز مذاکرات بنشینند، اما قرار شد تا کارشناسان 2 طرف، 28 اسفند 91، در استانبول با یکدیگر دیدار کنند و در خصوص پیشنهادات مطرح شده در آلماتی از سوی دو طرف در ابعاد فنی، حقوقی و سیاسی به بحث و تبادل نظر بپردازند و در نهایت سر فصل مذاکرات آلماتی 2 را آماده کنند.
مذاکرات آلماتی 2
دومین نشست ایران و گروه 5+1 در آلماتی، 16 فروردین ماه در محل هتل «اینترکنیننتال» این شهر برگزار شد. در نشست آلماتی 2، گروه 5+1 به صورت یک طرفه از ایران خواست تا غنی سازی را متوقف و سایت فردو را تعطیل کند، این در حالی بود که به هیچ عنوان حاضر به لغو تحریم‌های یک جانبه نشد. این نشست در 6 جلسه 4 ساعته برگزار شد و در پایان مذاکرات هر چند که نمایندگان چین و روسیه بر مثبت بودن مذاکرات صحه گذاشتند، اما کاترین اشتون عنوان کرد که برای نتیجه گیری باید با وزرای خارجه 6 کشور به بحث و مشورت بپردازد و در نهایت نتیجه را به دکتر جلیلی اعلام کند.

« دوره کنونی »

 « سیر مذاکرات در این دوره»

با روی کارآمدن دولت یازدهم و حضور حماسی مردم در انتخابات ریاست جمهوری که نشان از عدم کارآمدی تحریم ها و فشارها علیه کشورمان داشت و پافشاری بر حق غنی سازی و دستیابی کشورمان به غنی سازی 20 درصد که برای تولید رادیو داروها لازم است که پشتوانه محکمی برای مذاکرات هسته ای بود ، زمینه برای مذاکرات جدی تر ایجاد شد و در چند دور مذاکره توافق اولیه میان کشورمان و طرف های مقابل حاصل گردید که گام نخست برای روند عادی سازی پرونده هسته ای کشورمان محسوب می گردد . هر چند در این توافق کشورمان  توافق کرد که غنی سازی 20 درصد را متوقف نماید ، اما به رسمیت شناخته شدن حق غنی سازی کشور و برداشته شدن بهانه برای اعمال تحریم ها و فشارها علیه کشورمان و نشان دادن صداقت ایران در سطح بین المللی از مهمترین دستاوردهای  این مذاکرات بود .